Na konci 20. století byl kostel ve špatném stavebně-technickém stavu. Potřeboval celkovou údržbu střechy a fasád. Za působení stávajícího děkana farnosti Františka Skřivánka se podařilo získat dotace od Ministerstva kultury ČR, realizovat většinu nezbytných oprav a navrátit tak kostelu jeho původní reprezentativní vzhled.
„Národní památkový ústav několikrát doporučil ministerstvu pokračovat v poskytování příspěvku z programu záchrany architektonického dědictví na obnovu kostela. Památkáři také po celou dobu obnovy prováděli odborný dohled,“ uvedla vedoucí odboru péče o památkový fond územního odborného pracoviště Národního památkového ústavu v Telči Jana Musilová. Práce zahrnovaly opravu střechy s pálenými taškami, opravu omítek tzv. Kaštanky, tedy vnitřních stěn dvorku a ohradních zdí průčelí, opravu brány a zrestaurování pískovcové sochy Madony a Santa Casa na bráně.
Celková obnova pláště kostela vyvrcholila v roce 2015. Při opravě západního průčelí kostela byly zachráněny a na místě restaurovány i značně poškozené kamenné sochy sv. Františka Xaverského a sv. Aloise.
Empírový kostel sv. Františka Serafínského z let 1827–1829 nechal zbudovat hrabě Otto z Herbersteinu v blízkosti loretánské kaple. Jednou z unikátních zajímavostí, kterou jeníkovský kostel disponuje, jsou kosterní pozůstatky velryby grónské, jež si generál Goltz přivezl jako válečnou kořist z přístavu Stralsund v Severním moři, jedná se o nejstarší dochované pozůstatky velkého kytovce na našem území.
